Peki gen nedir öyleyse? Mendel 1865'te “gen”i keşfettiğinde onu yalnızca soyut bir olgu olarak biliyordu: çiçeğin rengi veya tohumun dokusu gibi fenotipin görünen tek bir özelliğini belirleyen, kuşaklar boyu bozulmadan aktarılan, ayrık bir belirleyici. Morgan ve Müller genlerin kromozomlar üzerinde taşınan fiziksel yapılar -bir tür malzeme- olduklarını göstererek bu anlayışı ileri taşımıştı. Avery bu malzemenin kimyasal yapısını belirleyerek gen anlayışımızı derinleştirmişti. Genetik bilgi DNA'larda taşınıyordu. Watson, Crick, Wilkins ve Franklin bu moleküler yapının birbirini tamamlayan iki iplikli çifte sarmaldan oluştuğunu keşfetmişlerdi. 1930'larda Beadle ve Tatum, genin bir proteinin yapısını belirleyerek “çalıştığını” bulgulamışlardı. Brenner ve Jacob genetik bilginin proteine çevrilmesi için gereken bir ara mesajcının, yani RNA kopyasının varlığını tespit etmişlerdi. Monot ve Jakob u RNA mesajının azalıp çoğaltılması ile genlerin açılıp kapatılabildiklerini göstermişlerdi. Solucan genomunun bütün dizilimini elde edince gen kavramına dair içgörüler de değişmiş oldu. Evet, bir gen organizmada belli bir işlevi belirler, ama tek bir gen tek bir işlevden daha fazlasını da belirleyebilir. Her gen belli bir proteini inşa talimatlarını sağlamaz. Hiç protein kodlamadan yalnızca RNA kodlamakta da kullanılabilir. Yekpare bir DNA parçası olması gerekmez; parçalara ayrılmış da olabilir. İçinde düzenleyici diziler barındırır, fakat bu dizilerin genle hemen komşu olması gerekmez.
Kapsamlı genom dizileme çalışmaları, daha şimdiden organizma biyolojisinde ayak basılmamış evrenlere kapılar açmıştı. Genomun dizilenmesi, genlere ve ve dolayısıyla genomla ilgili bildiklerimizi baştan yazıyordu.