Bağdat Nizâmiye Medresesi'nin "şöhreti ve saygınlığı neredeyse uluların, emirlerin ve hilâfet merkezinin ününü bile geride bırakan" bu büyük müderrisinin dışarıdan bakıldığında son derece başarılı ve mutlu görünen hayatı gerçekte gün geçtikçe için için büyüyen şüphelerle, fikri bunalımlarla altüst oluyordu. Nitekim gerçeği arama iştiyakının kendisinde daha gençlik dönemlerinden itibaren mevcut olduğunu belirtir. Muhtemelen ilmi başarı ve şöhretinin uzun müddet üzerini kapattığı bu şüphe temayülü dört yıllık müderrislik döneminin sonlarına doğru, temelden kavradığı tasavvufun kendisini derinden etkilemesiyle yeniden ve çok daha etkili bir şekilde ortaya çıkmıştır.
Kendi ifadesine göre şüphesi sadece metafizik ve bilgi problemleriyle ilgili değildi. Ayrıca ahlâki bakımdan da kendini sorguluyor ve dünya alâkalarına boğulduğunu, faaliyetlerinin en güzeli olan eğitim ve öğretim çalışmalarında bile hiç de önemli olmayan, åhiret yolu için faydası bulunmayan ilimlere yönelmiş olduğunu, öğretimdeki niyetinin tamamıyla Allah rızâsı olmadığını, makam ve şöhret arzusunun da bulunduğunu fark ediyordu. Bu yüzden defalarca Bağdat'tan ayrılmaya niyetlendiyse de ününü ve mevkiini terk etmeye razı olmayan nefsiyle altı ay mücadele etmek zorunda kaldı. 488 Recebinde (Temmuz 1095) başlayan bu şüphe krizi giderek ruhi daralmalara hatta fizyolojik rahatsızlıklara yol açtı. Ders anlatmakta zorlanıyor, iştahsızlık ve hazımsızlık çekiyor, takatten düşüyordu. Tabipler, bir süre uyguladıkları ilâçlı tedavinin sonuç vermediğini görünce hastalığın psikolojik sebeplerden kaynaklandığı, tedavisinin de o yolla olması gerektiği kanaatine vardılar.