Gerek Kitabı Mukaddes için olsun gerek kur'ân için olsun kutsal kitabın bu bilimsel karşılaştırmasının, ancak ispatlanmış bilimsel kavramlarla yapılması gerekir. Karşılaştırmanın geçerli olabilmesi için kendisine itimad edilen ilmi kanıt tamamiyle kesinlik kazanmış olmalı, hiçbir ihtilafa yol açmamalıdır. Kutsal din kitaplarının değerlendirme işinde ilmin devreye girmesine surat ekşitenler, ilmin geçerli bir mukayese unsuru teşkil edebileceğini inkâr etmektedirler (ister Kitabı Mukaddes söz konusu olsun, ister Kur'ân; Kitabı Mukaddes, bu karşılaştırmadan daha önce gördüğümüz sebepler yüzünden hep zararlı çıkmıştır. Kur'ân'ın ise bundan hiçbir korkusu yoktur). İlim zamanla değişkendir, doğruluğu birgün kabul edilmiş bir olgu, daha sonra reddedilebilmektedir, diye itiraz ederler.
Bu itiraz karşısında şu husus aydınlığa kavuşmalıdır: bilimsel teori ile, gereğince denetlenmiş gözleme dayalı gerçek biribirinden farklı şeylerdir. Teori anlaşılması güç bir olayı yahut birlikte birkaç olayı izah etmeği amaçlar. Teori pek çok hallerde değişkendir: Çünkü bilim alanındaki ilerleme, olayları daha iyi tahlil etmeğe, daha kabule şayan bir izah düşünmeğe imkân verince, teori değişmeye veya yerini bir başka teoriye bırakmağa uygundur. B ına karşılık gerçekliği deneyle sabit olmuş gözleme dayalı olgu, değişmeğe müsait değildir: Çünkü özellikleri zamanla daha iyi tesbit edilebilir ama, ne idiyse yine öyle kalır. Meselâ Dünya'nın Güneş etrafında, Ay'ın da Dünya'nın çevresinde döndükleri tesbit edilmiş olduğuna göre, artık bu, yeni baştan gözden geçirmeğe konu olmayacaktır; ileride olsa olsa yörüngeler daha iyi tanımlanabilecektir.
Bir müslüman fizikçinin, antimatier (1) kavramını bildirmektedir diye düşündüğü bir âyeti, benim meselä inceleme dışında bırakmamın nedeni, kuramların