Hayatının ilk devirlerini Anadolu' da geçiren Şeyh Hamidüddin, daha sonra dönemindeki Şeyh Bedreddin, Hacı Paşa ve daha pek çok ilim adamında da örnekleri görüldüğü üzere tahsilini devam ettirebilmek maksadıyla İslam dünyasının diğer büyük şehirlerindeki ilim meclislerini takip edebilmek amacıyla ilim ve irfan yolculuğuna çıktı. Ancak o, dönemdaşlarının aksine Mısır'ı değil Suriye'yi tercih ederek, devrinin diğer bir ilim ve irfan merkezi ve pek çok ilim yolcusunun uğrak yeri haline gelen Dımaşk'a gitti. Anlaşıldığı kadarıyla, Dımaşk'ta zahiri ilimleri tedris etmenin yanı sıra, Bayezidiye Hankahında bir şeyhin hizmetine girerek uzun yıllar kendisine hizmet etti. Bazı kaynaklarda onun bu süreçte Bayezid-i Bistami'nin ruhaniyetiyle terbiye edildiği, üveysi olduğu ve Hızır Peygamber ile yakın dostluk kurduğu yönünde rivayetlere yer verilir. Söz konusu bu rivayetler doğru kabul edilirse, birkaç tarikatla bağlantısı olduğu bilinen Şeyh Hamidüddin Aksarayi'nin Dımaşk'taki sufi meclislerinde edindiği terbiyenin Bistamiye tarikatı ile ilgisinin nasıl geliştiği konusunda bazı fikirler verebilir. Bayrami Melamilerinden La'lizade Abdülbaki Efendi, eserinde şeyhin Bistamiye tarikatıyla bağlantısını ortaya koyan bir de silsileye yer vermiştir. Buna göre Şeyh Hamidüddin Aksarayi; Şeyh Şadi er-Rumi, İbrahim el-Basri, Süleyman İskenderani, Hasan Esterebadi, Mahmud Basri, Osman Rumi, Ma'ruf-ı Kerhi, Sa'deddin Bağda di, İshak Harezmi, Süleyman Buhari, Süleyman İsfahani, Ahmed Horasani, Ebu'l-Hasan Cürcani, Şeyh Musa el-Bistami, İbrahim Hindistani vasıtasıyla Ebu Yezid Bistami'ye bağlanmaktadır.
Şeyhin Dımaşk'ta geçirdiği günlerin ve aldığı mistik terbiyenin daha sonraki süreçte hayatının bir yerinde sembolik olarak da olsa iz bıraktığı anlaşılmaktadır. Lamii Çelebi'nin eserinde