Medresenin uğradığı hazin akıbeti, 1943 yılında Karaman’a gelen İbrahim Hakkı Konyalı şöyle anlatmaktadır: “Medrese; 1927 yılına kadar muhteşem endamıyla, sülün ve narin minaresi ile ayaktaydı. Bu sene, korkunç bir kadir bilirsizlik yüzünden kör kazma, asırların bu pırlanta yadigârını temeline kadar indirdi ve taşlarıyla İstasyon Caddesi’ndeki Gazi İlkokulu yapıldı. Bu cinayette, Avusturyalı arkeologların parmakları olduğu rivayeti vardır. Medresenin kitabesi, çinileri ve kıymetli parçaları numaralanarak sandıklara konmuş ve trenle İstanbul’a gönderilmiştir. Bunu bana gözleri ile görenler söyledi. O vakit hususî idare, medreseyi açık arttırma yolu ile satışa çıkarmış. Hacı Sâmi Tartan, 350 liraya satın almış. Tamir ettirerek, ibadete açacakmış.
“Kaymakam Mehmet Ali, Belediye Başkanı Hacı Bekir’in Hüseyin Beyler, Mal Müdürünü ve Hacı Sami Tartan’ı çağırıyorlar, 50 kuruşluk bir arttırma ile cami Vezni’nin İbrahim’e ihale ediliyor. Gazi İlkokulu’nu, bir Alman şirketi yapmıştır. Camiyi de onlar yıkmışlardır. Medresenin taç kapısını ve kitabelerini, Almanlar 1500 liraya satın almışlar ve numaralayarak sandıklara koymuşlar, Almanya’ya göndermişlerdir. Bunu, bize sayın Salahaddin Baran Bey anlattı. 96 yaşında bulunan Hacı Sami Tartan da teyit etti. Şimdi medresenin kapısı ve kitabeleri Almanya’dadır. 350 liraya tamamı alınan medresenin yalnız taşları 1500 liraya satılmıştır…”