Metnin temel iddiası, "hayr-ı kesîr için şerr-i kalîl kabul edilir" ilkesi etrafında şekillenir. Bu ilkeye göre, çok büyük fayda ve hikmetler doğuran bir işin içinde az bir zarar ve şer bulunması, o işin terk edilmesini gerektirmez. Aksi hâlde, az bir kötülüğü engellemek niyetiyle büyük hayırlar terk edilirse, daha büyük zararlar doğar ki bu da aklen ve dinen zulümdür.
Örneğin, bir cihada asker sevk edildiğinde bazı bireysel zararlar, hatta ölümler olabilir. Ancak bu savaşın neticesinde İslam ümmeti küfürden, işgalden kurtulur. Eğer "birkaç kişi zarar görecek" diye cihad terk edilirse, tüm ümmetin çöküşü gibi çok büyük bir şer meydana gelir. Bu da aslında zulmün ta kendisi olur. Aynı şekilde, kangren olmuş bir parmağın kesilmesi dışarıdan bakıldığında şer gibi görünür. Ama bu küçük şer kabul edilmezse ve parmak kesilmezse, bu sefer tüm el kangren olur; bu ise şerr-i kesîr olur.
İkinci bölümde ise kainattaki kötülükler, zararlar, şeytanlar ve musibetlerin yaratılışı ele alınır. Burada, Allah’ın şeytan gibi görünen bazı varlıkları yaratmasının ardında çok büyük faydalar, neticeler (netaic-i mühimme) bulunduğu ifade edilir. Şeytanlar olmasaydı, melekler gibi insanlar da sabit makamda kalır, ilerleyemezdi. Melekler ve hayvanlar şeytanla karşılaşmazlar, bu yüzden hallerinde değişim (terakki veya tedennî) olmaz. Ancak insan şeytanla mücadele ettikçe yükselir ya da alçalır; bu da insana sınırsız bir gelişim (terakki) ve gerileme (tedennî) alanı açar.
İnsanlık âleminde Nemrutlardan enbiyaya kadar uzanan merâtib-i terakkiyat ve tedennîyat (yükseliş ve düşüş dereceleri) bu imtihan sistemine bağlıdır. Eğer şeytan ve şer yaratılmasaydı, bu derece farklılıklar da olmazdı. Böylece kötülüğün yaratılışı, görünüşte şer olsa da aslında çok büyük hayırların, özgür iradenin, gelişmenin