Kitap, savaşın yıkıcılığını, bir insanın ömür boyu sırtında taşıdığı vicdan azabını ve nesiller arası bağların iyileştirici gücünü anlatır. Torunu Mizuki, büyükbabasının bu trajik geçmişini öğrendikten sonra onun yaralarını sarmak ve bunca yıl sonra Keiko'nun izini bulabilmek için harekete geçer.
Yıl 1945; ergenlik çağındaki Ichiro, arkadaşı Hiro ile evde vakit geçirirken Hiroşima'ya atom bombası atılır. Şehir bir anda cehenneme döner. İki arkadaş, patlamanın dehşeti içinde Hiro'nun 5 yaşındaki küçük kız kardeşi Keiko'yu bulmak için harabelerin arasında aramaya koyulurlar.
Yaralı ve çaresiz haldeki Ichiro, zorunluluktan ötürü küçük Keiko'yu güvenli olduğunu düşündüğü bir yerde bırakmak zorunda kalır ve giderken ona kağıttan ilk turna kuşunu yapar. Ancak geri döndüğünde Keiko ortadan kaybolmuştur.
1000 Turna Kuşu ve Arayış; Ichiro, hayatı boyunca Keiko'yu bıraktığı için büyük bir suçluluk duyar. Onu aradığı yıllar boyunca, başvurduğu her yere Japon efsanesindeki "1000 turna kuşu katlayanın dileği kabul olur" inancıyla birer origami turna kuşu bırakır. Ichiro, babasından yadigar kalan değerli bir kitabın son sayfasını da origami yaparak bininci turna kuşuna ulaşır.