Diğer taraftan İstanbul' da etabli sorununa dahil olmayarak gidişleri kesinleşen Rumlar da gruplar halinde Türkiye'yi terk etmeye başlamışlardır. Bunun dışında, mübadele kapsamı dışında oldukları halde Türkiye'yi kendi istekleriyle terk edenler de olurken, bunun tam aksine, mübadeleye tabi oldukları halde Yunanistan hükümetinin tutumu doğrultusunda İstanbul'u terk etmek istemeyenler de bulunmaktaydı. Türk hükümeti bu tür ailelere Türkiye'yi terk etmek üzere hazırlık yapmaları uyarısında bulununca Yunanistan da mübadele kapsamındaki Batı Trakya Türklerine baskı yapmış mallarının haksız ve yasal olmayan müsadereleri hızlandırılmıştır. Bu arada hükümet yetkilileri, mübadeleye tabi tutulan bu İstanbullu Rumları da polis nezaretinde Balıklı Rum Hastanesinde toplamış, pasaportlarını teslim ederek beş gün içinde Türkiye'yi terk etmeleri gerektiğini kendilerine bildirmiştir. Bu şekilde mübadele döneminde Türkiye'nin faklı bölgelerindeki durumu kısaca ortaya koyduktan sonra asıl konumuzu oluşturan Türk Ortodoksların Türkiye'yi nasıl terk ettikleri ele alınarak incelenmeye başlanabilir