5 Mayıs 2006'da 3713 sayılı Terörle Mücadele Kanunu'nun "terör tanımı" başlıklı 1. maddesinde yapılan değişiklik ile, terör örgütü tanımına cürüm işleme ve silahlı eylem şartı getirildi.
En önemlisi, o dönemde "silahsız terör örgütü" tanımının tekliften çıkarılmasını bizzat FETÖ istemiş, çıkarılması için Erdoğan da mücadele