Moldova Din İşleri Başkanlığı’nın verilerine göre, Moldova Ortodoks Kilisesi en yaygın kilise konumundadır. 1992 yılında Moldova Ortodoks Kilisesi’nden ayrılan Besarabya Ortodoks Kilisesi önemli güç sahibidir. Rus Ortodoks Kilisesi ise üçüncü büyük dinsel güç konumundadır. Bu farklılaşmalar, siyasi yönelimlerdeki kutuplaşmalar üzerinde etkili olacak potansiyeldedir.