Şengör'ün ve yeni-ateistlerin yazılarının bilim için tehlikeli olma nedeni, sadece bilimin dinle çatışır bir şekilde resmedilmesi değildir. Şengör ve yeni-ateistler, bilime, bilimin talip olmadığı rolleri biçerek bilimin itibarını zedelemektedirler. Örneğin, onların yazılarından etkilenerek bilimin her konuda rehber edinilmesi gerektiğine inanan bir kişiyi ele alalım. Bu kişi, bilimin ahlaki konularda sessiz kaldığını görerek bilime duyduğu güveni yitirebilir. Oysa bilimin her konuda rehber olmak gibi bir iddiası yoktur. Bu konuda verilebilecek iyi bir örnek Avusturyalı edebiyatçı Stefan Zweig'ın uğradığı hayal kırıklığıdır. Zweig, otobiyografisinde 20. yüzyılın başında Avrupa toplumlarının hemen her gün yeni bir icatla, yeni bir keşifle baş döndürücü bir değişimin içine girdiğinden ancak buna rağmen Birinci Dünya Savaşı'na sürüklenmekten kendilerini alıkoyamadıklarından bahseder. Sosyolojinin kurucularından Saint-Simon da
bilimin ona yüklenen öncülük vazifesini yerine getiremeyip ordunun ihtiyaçlarına uygun bilgi üreterek yıkıcı bir araca dönüştüğünden yakınır. Sonuç olarak Şengör gibi bilimden bir hayat rehberi yaratmak isteyen düşünürler, bilime yüklenen rehberlik misyonunun bilimin yetkinlik alanını aştığını görmemekte, bilimin normatif değil, deskriptif olduğunu unutmaktadırlar. Oysa bilim tarif eder, açıklar, öngörür; onun hayatlara yön verme gibi normatif bir yönü yoktur. Özetle, bilimin ne işe yaradığının, nerelerde söz sahibi olduğunun doğru tespit edilmesi ve bilimin sessiz kaldığı konularda bilim insanlarının ideolojilerini bilimsel kılıf içerisinde sunmaya çalıştıklarının gösterilmesi; bilim düşmanlığının bir yansıması değil, bilime saygının bir gereğidir.
Yine de bu kitap nedeniyle, Şengör'ün akademik başarılarına atıfla "tereciye tere satmak" ile