Akademi'nin parlak bir matematik okulu olma özelliğinin kalmadığı açıktır. Hocaların ve öğrencilerin büyük çoğunluğu yalnızca Yeni Platoncu aritmetik ile, yani sayı mistisizmi ile ilgileniyorlardı. Mamafih, Larissalı Domninos bu akıma karşı tepki göstermeye ve Öklidçi sayılar teorisini canlandırmaya çaba harcamıştı. Akademi'nin varlığını sürdürdüğü dönemin son yüzyılında
en büyük başhocası Proklos idi. Proklos menşe olarak Likyalıydı;[101] ama Bizans'ta doğmuş, İskenderiye'de öğrenim görmüştü; ancak Hypatia'nın bilgeliğinin kaynaklarından yararlanmak için artık çok geç olduğu için Atina'ya döndü ve 485'de ölünceye kadar Akademi'nin başhocalığını yaptı. Proklos'u en büyük methiyelerle yüceltmek isteyen kimseler ona "Yeni Platonculuğun Hegel'i" lakabını verdiler; o, felsefe, astronomi ve matematikle ilgilendiği halde, bir filozof olarak, bir astronom ya da matematikçi olduğundan muhakkak ki çok daha etkiliydi. Ama yine de Batlamyus astronomisine yazmış olduğu giriş ve Elementler'in I. kitabına yaptığı şerh için ona minnettarlık borcumuz var. Bu şerh, Öklid'in kaynaklarının tarihi açısından oldukça değerlidir; bize ulaşan malumatın çoğu iki Rodoslunun, Eudemos (M.Ö. IV-2) ve Geminos'un (M.Ö. I-1) kayıp eserlerinden elde edilmiştir. Proklos olmasaydı, bizim antik geometri hakkındaki bilgimiz, olduğundan çok daha fakir olurdu.