Bolivya'da da çeşitli başarısızlıklarla karşılaşan Che, 9 Ekim 1967'de CIA ve Amerikan Ordusu'na bağlı Özel Harekat Birlikleri tarafından yakalanarak yargısız infaz sonucu öldürüldü
'VUR BENİ KORKAK'
Che'nin, öldürülmeden kısa süre önce, kendisini öldürmek için görevlendirilen Bolivyalı askere söylediği "Buraya beni öldürmeye geldiğini biliyorum. Vur beni korkak, yalnızca bir adam öldürmüş olacaksın" ifadeleri, onun son sözleri oldu.
Ölümünden sonra, Che'nin bedeni Küba'ya teslim edilmedi ve elleri kesilerek bilinmeyen bir yere gömüldü. Ancak, 1997 yılında, Guevara'nın bedeninden kalanlar Vallegrande yakınındaki bir uçak pistinin altından çıkarıldı ve yapılan DNA testinin ardından Küba'ya teslim edildi
ÖLÜMÜNDEN 30 YIL SONRA BULUNDU
Che'nin cenazesi ise, 17 Ekim 1997'de Santa Clara'da özel olarak hazırlanmış anıt mezara askeri törenle gömüldü
Ölümünün ardından hakkında dünya çapında efsaneler oluşan Che Guevara, bugün dünyadaki sosyalistler için bir ikon halini almış durumda. Che imgesinin popüler kültür tarafından da sıkça kullanılıyor oluşu, Che'nin popülaritesinin daha da fazla artmasına yol açarken, bu durum onun, karşısında savaştığı kapitalizm tarafından kullanmasına yönelik eleştirileri de beraberinde getiriyor.
Che'nin ölüm yıldönümü, her yıl dünya çapında yapılan çok sayıda etkinlik ve anma programlarıyla birlikte anılıyor