Şahruh Mirza'nin 1447'deki ölümüyle birlikte Timurlu İmparatorluğunda taht kavgaları başlayınca, Uluğ Bey, oğullarının yardımıyla başkent Herat'a girerek duruma hâkim oldu. Zaferin ardından, oğullarından Abdullatif Mirza müstakil olarak Herat'ın yönetimini isteyince büyük bir kriz patlak verdi. Uluğ Bey, ordusundan bazı üst düzey isimlerin de desteklediği oğluna karşı savaştı, ancak yenildi. Abdullatif Mirza'ya teslim olan Uluğ Bey'in yeniden Semerkand'a girmesine müsaade edilmedi. Bunun üzerine "hacca gitmek için" oğlundan izin alan Uluğ Bey, çıktığı yolculukta fazla mesafe kat edemeden, 27 Ekim 1449 günü bizzat Abdullatif Mirza'nin verdiği bir emirle öldürüldü. ihtiraslı şehzadeye Semerkand halkı bir lakap takacaktı: "Peder-kûş", yani "baba katili."
Bu trajik hikâye, ne yazık ki burada bitmiyor. Devamı da var:
Uluğ Bey'in kendisine sadık kalan oğlu Abdulaziz Mirza, babasının infazından iki gün sonra, yine kardeşi Abdullatifin direktifiyle öldürüldü. Aynı günlerde Semerkand'da ortalık savaş alanına dönerken, Uluğ Bey'in inşa ettirdiği üç katlı muhteşem rasathane binası yağmalandı, el yazması eserlerle dolu kıymetli kütüphanesi talan edildi.
Babasına ve kardeşine kıyan Abdullatif Mirza'ya uzun yaşamak nasip olmadı.
9 Mayis 1450'de, kendi askerleri tarafından Semerkand'da öldürüldü.