Hüdâyî'nin Üsküdar ve İstanbul'da tanınıp sevilmesine ve ziyaret edilmesine vesile olan menkıbevî bir duasından bahsedilmektedir. Rivayete göre Sultan I. Ahmed Han, sohbetteyken kendisine şöyle bir soru yöneltir: “Efendim, Abdülkâdir Geylânî hazretlerinin kıyamet gününde müntesiblerinden pek çok günahkâra şefaat edeceğine dair bir rivayet var. Bunun sıhhati konusunda ne buyurursunuz?"
Hüdâyî bir an murakabeye vardıktan sonra rivayetin doğruluğunu tasdik eder. Bunun üzerine Sultan Ahmed Han: "Sizin bizlere bir dua ve müjdeniz yok mudur?" diye sorar. Hüdâyî ellerini açarak şöyle dua eder:
"Kıyamete kadar bizi sevenler, kabrimizi ziyaret edenler ve ömründe bir kere türbemizin önünden geçtiğinde Fatiha okuyanlar bizimdir. Bize mensub olanlar denizde boğulmasın, ahir ömürlerinde fakirlik görmesin, imanlarını kurtarmadıkça göçmesin.
Hüdâyî'nin bu duası çağından sonraki dönemlerde özellikle denizcilerin bu türbeyi ziyaretine vesile olmuştur. Osmanlı döneminde denizciler boğazdan Karadeniz
ve Marmara'ya giriş ve çıkışlarında Anadolu yakasında Üsküdar'da Hüdâyî'ye, Beykoz'da Yuşa (a.s.)'a, Avrupa yakasında Eyüp'te Eyüp Sultan'a, Beşiktaş'ta Yahya Efendi'ye Fatiha okurlarmış.