Ebu Ubeyde b. Cerrah ⁽ʳᵃ⁾ komutasındaki İslâm orduları Kudüs’ü kuşatmış , şehrin düşeceğini anlayan patrik bir şartla teslim olabileceklerini belirtmişti. İslâm ordularının daha önce fethettikleri yerlerdeki halka verdiği eman üzere teslim olacaklardı. Fakat bu işlemi bizzat emirleriyle gerçekleştirmek istiyorlardı. Ebu Ubeyde ⁽ʳᵃ⁾, “Emir benim. Buyurun şartları görüşlim.” demisti. Sophronius: “Hayır ordu komutanına değil, şehri bizzat devlet başkanınıza teslim edebilirim.” diye ısrar etmisti. Bunu haber alan Hz. Ömer ⁽ʳᵃ⁾, Medine’de yerine Hz. Ali ⁽ʳᵃ⁾’i vekil bırakıp yola çıkmıştı. İşte şimdi Kudüs’teydi.
Hz. Ömer ⁽ʳᵃ⁾, patriği teselli ettikten sonra “Ey İlyalılar, lehimize olan lehinize, aleyhimize olan aleyhinizedir...” diye başlayan bir konuşma yaptı. Sonra Sophronius, Hz. Ömer ⁽ʳᵃ⁾’i Kıyame Kilisesi’ne davet etti. Kiliseyi gezerlerken namaz vakti girdi. Hz. Ömer ⁽ʳᵃ⁾ patriğe: “nerede namaz kılayım?” diye sordu.
Rahip: “olduğun yerde.” dedi.
Bunun üzerine Hz. Ömer ⁽ʳᵃ⁾: “Ömer, Kıyame Kilisesi’nde namaz kılmaz. Sonra peşimden gelecek müslümanlar Ömer namaz kıldı diyerek burada mescit inşa ederler.” diye karşı çıktı. Bir taş atımı uzaklaştı ve abasını yere sererek namaz kıldı. Hakikaten daha sonra müslümanlar onun namaz kıldığı yere bir mescid inşa ettiler. Bu mescid o günden beri hâlâ ayaktadır ve Mescid-i Ömer adıyla anılmaktadır.