Charlie’nin zeka seviyesi düşük ancak “istisnai” bir şekilde farkındalığı yüksek diyebiliriz. O durumunu biliyor aslında ve normalleşebilmek için çocukluğunda öğrenemediği okuma-yazmayı öğrenmek istiyor. Zihinsel engelli yetişkinlerin gittiği merkezdeki öğretmeni Alice Kinnian’ın tavsiyesi ile Profesör Nemur ve Doktor Strauss ile tanışıyor ve son teknoloji deneysel bu ameliyat için seçiliyor.
Charlie’nin hayali insanların kendisiyle dalga geçmemesi ve onu sevebilecek çok sayıda arkadaş edinmek. Çalıştığı fırında sözde arkadaşları var ama onlar sürekli Charlie’ye gülüyor ve eğlencelerine alet ediyor. “Eğer akıllıysan sohbet edecek bisürü arkadaşın olur ve hep böyle yapayannız kalmazsın” diyen Charlie, zekanın her şeyi halledeceğini sanıyor.
Ameliyatın ardından Charlie, Algernon ile tanışıyor, zekası normalin 3 katına çıkmış olan fare ile aynı başarıyı göstermesi beklenen Charlie yarıştırılıyor. Charlie, Algernon’u yenmeyi öğrenirken, onunla empati de kuruyor. Yemek yiyebilmek için testi geçmek zorunda olmasına üzülüyor ve onunla arkadaş olmaya karar veriyor.
Charlie’nun zekası günden güne ilerliyor, Robinson Crusoe’ya “çok zor” derken kısa sürede şiir, bilim, felsefe ilgisini çekmeye başlıyor; Shakespeare, Milton, Newton, Einstein, Freud, Eflatun, Hegel, Kant gibi isimler ona heyecan veriyor. Laboratuvarın yer aldığı kampüsteki üniversite öğrencilerinden dinlediklerini aktarırken, sadece cümleleri düzelmiyor düşünceleri de şekilleniyor.