Hristiyan filozoflar sadece Tanrı'nın varlığı için rasyonel bir argüman peşine düşmemiş, aynı zamanda muhalif argümanlarla uğraşmak zorunda kalmıştır. Epikuros'un ileri sürdüğü, bunlar arasındaki en güçlü argümanlardan biri, kötülüğün varlığı sorununu gündeme getirir. Epikuros, paradoksunda şunları sorar; "Tanrı kötülüğü önlemek istiyor ancak bunu yapamıyor mu? O zaman kadir-i mutlak değildir. Engelleyebilir ama istekli mi değil? O zaman kötü niyetlidir. Hem istekli hem de kadir mi? Öyleyse neden dünyada kötülük var? Ne istekli ne de kadir mi? Öyleyse ona neden Tanrı diyelim?"
Bu paradoksa değinen ilk Hıristiyan filozof olan Augustinus, Tanrı'nın bize doğru ya da yanlış yapmayı seçme özgürlüğü verdiğini savundu. Tanrı, var olan her şeyi yaratmasına rağmen kötülüğü yaratmadı; çünkü kötülük bir şey değil, bir eksikliktir. Bu, iyiliğin eksikliğidir ki bu eksiklik insanın akıl sahibi oluşunun bir neticesi olarak ortaya çıkmış ve Ådem, bilgi ağacının meyvesini yemeyi seçtiğinde bize aktarılmıştır. Dolayısıyla kötülük, Tanrı'nın bize özgür irade tanıması karşılığında ödediğimiz bedeldir. Gerçi bu da kendi içinde Tanrı'nın her şeyi bilmesi konusunda başka soruları beraberinde getirir.