1999’dan sonra Fethullah Gülen’e gösterilen teveccüh tersine dönmüş ve hem merkez medyaya hem de devlet kurumlarında Cemaat karşıtı bir hava hâkim olmuştu. 1999 yılının Haziran ayında Gülen’in vaazlarından derlenen konuşmalar medyaya servis edilerek, Cemaat’in “ılımlı İslami görüşlerinin” takiyye olduğu ve “bürokraside kadrolaşarak devleti ele geçirmeye çalıştığı” vurgulanmaya başladı.
Daha öncesinde Orgeneral Çevik Bir, askerî bir heyetle Bülent Ecevit’i ziyaret ederek Cemaat’in “Cumhuriyet rejimini hedef aldığını” anlatan bir brifing vermişti. Ecevit, askerî heyete “[o] sizin düşünceniz. Ben eskisi gibi düşünüyorum” diyerek karşılık vermişti.
Ecevit, Refah Partisi’ne karşı millî güvenlik eksenli bir refleksle devletin yanında yer alırken, Gülen Cemaati söz konusu olduğunda tam tersi bir tutum içinde oldu (Kınıklıoğlu, 2000: 10-11). Önce başbakan yardımcısı daha sonra ise başbakan olarak katıldığı MGK toplantılarında ne zaman Cemaat gündeme gelse hep aynı korumacı tavrı ortaya koydu (Sarıkaya, 29.03.1998; Hürriyet, 10.12.1999; Ergin, 03.03.2000).
İslam ülkelerinin sömürgelikten kurtulması için gene biz ağabeyi yapacağız; başkası yapamaz bunu. Şimdi Batı bunlardan çok korkuyor. Batı gizli gücümüzü biliyor da, Biz bilmiyoruz.
Öyleyse bu Ermeni ve Pkk meselesinin ardında hep bu korku ve Endülüs gerçeği yatıyor?
İslam'ın koruyuculuğunu 1000 sene cenab-ı hak Türk milletine nasip etmiştir. Batı, İslam dünyasının yeniden toparlanıp kendi kaderine kendisi hakim olur duruma gelmesini olsa olsa Türklerin başarabileceğini biliyor.
Türk dünyasını da. Dolayısıyla batının derdi Türk iledir