İran'ın Şiraz kentinde doğdu. Felsefe, kelam, hadis ve tefsir çalışmaları için önce kazvin'e (1591) daha sonra isfahan'a (1597) seyahat etti. On iki imam Şiiliğinin İmamiye önemli merkezlerinden olan bu şehirlerde Mir Damad ve Bahaüddin Amili'nin talebeliğinde bulundu.
Eğitimini İsfahan'da tamamladıktan sonra felsefesini ortaya koyan aynı zamanda iran'daki kum şehrinin yakınlarındaki kahak adındaki köyde geçirdiği on beş yıllık zühd hayatından edindiği tecrübelerinin etkisini yansıtan Esfar'ul Erbaa (dört sefer) adlı eserini verdi.
İranlılar tarafından ülkelerinin en büyük filozofu olarak kabul edilen molla sadra akılcılıkla sezgiciliği biraraya getirerek Hikmet'ul Mutealiye (Aşkın Hikmet) ekolünü kurmuştur. Molla Sadra'nın felsefesi Ibn-i Sina meşşailiği, Sühreverdi'nin İşraki felsefesi, Muhyiddin Arabi'nin, Nazari irfan ekolü ve Oniki İmam şiiliği'nden etkilenmiştir. eserlerinde islam düşünce dünyasındaki akılcı, sezgici, nas ekollerini farklı bir sentezde biraraya getirmeye çalışmıştır.
Hayatının sonlarına doğru şiraz'a döndü. muhammed bakır meclisi gibi bazı oniki imam şiiliğine mensup kelamcılarınca sapkınlıkla suçlandı ancak mensubu olduğu ailenin gücü sebebiyle yazmaya devam edebildi. Hac yoluna çıktığında Basra'da yaşamı son buldu ve günümüzde Irak'a ait topraklara defnedildi.