"İlâhî olan" açık açık tartışılmasa da Anaksimandros'un bilgisel projesinin bütünü, tanrıları bilmezden gelmekten oluşan radikal bir tavır alış üstünde temellenir. Dinsel bilginin açık bir eleştirisi olmasa da, bu tavır alış, temelini tanrılarda bulan baskın düşünceyle çatışmaya girmeden edemez.
Çatışma başlamıştır; uzun ve hazin bir tarihi olacaktır.
1. Çatışma
Mistik-dinî düşüncenin, yeni natüralizme karşı direnci çok geçmeden başlar, yoğunlaşır ve Batı uygarlığı boyunca bazen kısa bazen uzun süren hayli şiddetli dönemleriyle farklı biçimlerde devam edecek olan savaş derhal patlak verir.
Müşriklik suçlamaları, Anaksimandros'un ve Anaksagoras'ın sonraki kuşaktan Yunan kardeşleri olan bazılarının kapısına "sürgüne gönderilme" olarak dayanmaya başlarken Sokrates'e gelindiğinde o, gençlerin ahlâkını bozmaktan ve sitenin tanrılarına hakaretten baldıran zehri içmek suretiyle ölüme mahkûm edilir. Sokrates'in hükmedilen suçu, Aristofanes'in kitabımızın IV. bölümünde atıf yaptığımız komedyasında kısa süre önce sahnelenen suçlamayla tastamam aynıdır ve Anaksimandros'un sorduğu meşhur sorulardan birini akla getirmektedir: Yıldırım, Zeus'un gönderdiği bir gazap mıdır? Yoksa bir rüzgâr girdabından mı kaynaklanır?
Bununla birlikte, muhtemelen daha o sıralarda çağın icaplarıyla sıkıntıya girmiş olan Yunan dünyasının ve ilk Roma
69 Bu muhakkak ki bir anakronizmdir, ama bize Anaksimandros'un açıklamalarından söz eden çok sayıda antik fragmana ve de tanrılara hiçbir referansta bulunmamasına bakıldığında, insanın Anaksimandros'a şunu sorası gelir: "Ya tanrılar?" Ve Anaksimandros'un kitabımızın kapağında yer alan mozaikteki dalgın, yumuşak, ama yarı karamsar yüzünün, bize sessizce dönerek ve gülümseyerek, Laplace'ın Napolyon'a verdiği meşhur cevabı, asırlar öncesinden fısıldadığını