Edip Yüksel, 1957 yılında Güroymak'da Sadrettin Yüksel'in oğlu olarak doğdu. Metin, Müfid, Süreyya ve Nedim Yüksel'in kardeşidir. 12 Eylül Darbesi öncesi İstanbul Akıncılar Derneği bünyesinde etkinliklerde bulundu. Darbeden sonra yargılandı.
O yıllarda İslamî camiada genç ve popüler bir yazar olan Edip Yüksel, 1 Temmuz 1986 tarihinden itibaren hadis, sünnet ve icmâyı, mezhepçi öğretiler ve Allah'ın hükmüne ortak koşmak olarak gören "reformist" düşüncelerini yaymaya başladı. Orta Doğu Teknik Üniversitesi'nde makine mühendisliği eğitimi almıştır.
Bu düşünceleri nedeniyle, babasının da dahil olduğu İslâm ulemâsı tarafından İslâm dairesinin dışına çıktığı ilan edilince ABD'ye yerleşti ve Reşad Halife'nin öğrencisi oldu. Daha sonra Tucson'a tașınan Yüksel, burada hukuk alanında doktor unvanı aldı ve United Submitters International'in tanınan üyelerinden biri oldu. 1993'te ABD vatandaşlığını elde etti. Düşüncelerini yaymak için bazı web siteleri oluşturdu ve kitaplar yazdı. Türkiye'de çeşitli tartışma programlarına katıldı. 1998 yılında Arizona Üniversitesi Hukuk Fakültesinden hukuk dalında doktora almıştır.
Edip Yüksel, Arizona'da bir yükseköğrenim kurumunda yarı zamanlı olarak felsefe hocalığı yapmaktadır.[kaynak belirtilmeli] Evli ve iki erkek çocuk babasıdır.