İlk ve orta öğretimini tamamladıktan sonra 1979'da İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Tarih Bölümü Yeniçağ Tarihi Kürsüsü'nden mezun oldu. 1981'de Yeniçağ Tarihi Kürsüsü'ne asistan olarak girdi. 1985'de 16. yüzyılda Manisa ve yöresinin sosyal ve ekonomik tarihini aydınlatmaya yönelik doktora tezi kabul edildi. 1987'de Yeniçağ Tarihi Anabilim Dalı'na yardımcı doçent olarak atandı. 1989'da ise doçent unvanını almaya hak kazanan Emecen 1995'de aynı anabilim dalında profesör kadrosuna atandı. 2012 Şubatında kendi isteğiyle emekliye ayrıldı. Halen İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi Edebiyat Fakültesi'nde görev yapmaktadır.
Çalışma sahasını klasik dönem Osmanlı tarihi teşkil etmekte olup bu alanla ilgili pek çok araştırma ve makaleleri yayımlanmış bulunmaktadır. 1994-2000 yılları İstanbul Üniversitesi dekan yardımcılığı, 2006-2007'de Avrasya Enstitüsü Müdürlüğü yapmış olup 16 Mart 2012 tarihi itibariyle İstanbul 29 Mayıs Üniversitesi Edebiyat Fakültesi dekanlık görevini yürütmektedir.
Bazı projelerde görev alan , yurt içi ve yurt dışında çok sayıda ilmi kongre ve sempozyuma katılan, birçok ilmi derginin neşir heyeti, danışma kurulunda bulunan 1995'te Türk Tarih Kurumu üyesi, 2012'de Türkiye Bilimler Akademisi asli üyesi olan Emecen'in Osmanlı bürokrasisi, hanedanı, şehir tarihi, sosyal yapı, siyasi yönelimler, Osmanlı-Avrupa ilişkileri, savaş tarihi Osmanlı Balkanlar ve Ortadoğu dünyası gibi konuları içine alan yayımlanmış kitap ve makaleleri mevcuttur.
Sonuç olarak İstanbul'un fethi Batı dünyasında korkuyla karışık bir tehdit algılamasına, Hristiyan hükümdarlar nezdinde ümitsizce yeni bir haçlı çağrısına yol açarken; İslam dünyasında Memlük idaresi hariç genel bir sevinçle karşılanmıştır . Böylece Osmanlı gücü sadece Hristiyan memleketlerde değil , bütün İslam ülkelerinde de iyice tanınmıştır.Artık Osmanlılar üç kıtaya yayılmış bir imparatorluğun temellerini atacakları ve yeni misyonlar üstlenecekleri bir çağa adım atmaya hazırdırlar
İstanbul'un fethinin Doğu'daki özellikle İslam dünyasında yankıları Batı'daki hayal kırıklığıyla ölçüşebilecek nispette büyük ve aleni sevinç gösterisine dönüşmemişti