Daha önce fikirleri değerlendirilen iki sosyal bilimcinin de üzerine yoğun bir şekilde eğildikleri Türk modernleşmesinin ürettiği din odaklı ayrışma ve kültürel bölünme, Kemal Karpat’ın da ilgilendiği ve üzerine önemli tespitler yaptığı bir konudur. Burada Cumhuriyet modernleşmesinde yeni siyasal elitin İslam’ı, milliliğin dışına çıkarma çabasını “ideoloji çağının temellerini atmak” olarak yorumlayan Karpat (2009b, s. 321), Cumhuriyet’in kurucu elitinin kültür ve tarih gerçekliğini yanlış yorumlamasının pek çok olumsuzIuğa sebep olduğunu savunmuştur. Özellikle İslam’ı, milliliğin dışına itmeye çalışan ve laiklik anlayışıyla yeni bir millilik oluşturmaya çalışan zihniyetin, hem Osmanlı’dan süregelen modernleşmeyi hem de din ile devlet arasındaki ilişkiyi doğru anlayamadığını düşünmüştür (Karpat, 2009b, s. 822). Böylece Cumhuriyet ideolojisinin temellerinin atıldığı dönem, var olan tarihsel ve sosyolojik gerçekliğin değişmesi talebiyle yeni bir tarih ve sosyoloji peşinde olmuştur. Bu çelişkiyi Karpat (2010, s. 190), “Türkiye, İslam’a bütünüyle sadık bir toplumu yönetmek için kurulmuş Iaik bir hükümete sahipti” şeklinde ifade etmiştir.