Bir kere, cemiyetin kuruluşundaki amblem (tabanca, Kuran ve bayrak) iktidarın üçlü sacayağında dinin (İslam) gerekliliğini vurguluyordu. İkinci olarak, İttihat ve Terakki, Abdülhamit'in azledilmesinde Şeyhülislam fetvası almıştı. Hatta bu işe yanaşmayan Şeyülislam'ı, tabanca tehdidi ve zoruyla evinden alarak fetvayı imzalattırmıştı. Bu, ordu ve din ilişkilerinin çelişkili doğası açısından ilginç bir noktadır. Üçüncü olarak, aynı örgüt, birçok din adamı ile İlmiye Sınıfı'nın ileri gelenlerini (Musa Kazım, Mustafa Asım, Elmalılı Hamdi Yazır, Mustafa Sabri) cemiyete kaydettirmiş, İttihat ve Terakki'nin dini şubesini kurdurtmuştur. Dördüncü olarak, Said-i Nursi gibi dönemin en önemli dini şahsiyetlerinden birini Teşkilat-ı Mahsusa'ya (İstihbarat) alabilmiştir. Beşinci olarak, Birinci Dünya Harbi'nde Cihad-ı Ekber (Büyük Cihat) fetvasını yayınlatıp, bütün İslam alemini yanına çağırmıştı. Altıncı olarak; Meşihat (Şeyhülislamlık), makamına seçtiği yandaşı din adamlarından fetvalar alarak, Osmanlı'nın bütün il ve ilçelerindeki din görevlilerine "Meşrutiyet yönetiminin övülmesi" yolunda talimat verilmişti. Yedinci olarak, Cemiyet üyesi olmayan din adamlarına, işe başlamadan önce, dini muhalefette bulunmayacaklarına ilişkin yemin (ahitname) imzalattırılmıştı. Sekizinci olarak, 31 Mart Vakası gibi iktidarı tehdit eden kitlesel/dini ayaklanmalardan ötürü çok güvendiği din adamlarından Şeyhülislam Musa Kazım gibilerinin bile Divan-ı Örfi'de (Sıkıyönetim Mahkemeleri) yargılanmalarına izin vermişti. Son olarak, Alevi-Bektaşi mecrasında yürüyor görünmüştü.