1481’de Fatih’in vakitsiz ölümü üzerine, Şehzâde Bayezid, İstanbul’a saltanat gayesiyle gitti. Hocası ve dostu Hamdullah’ı da çağırdı. Ancak, taht kavgaları, onu bit müddet arayıp sormasına mâni oldu. Nihayet, Hamdullah Efendi İstanbul’a gelip, akrabasından iki Amasyalı hattatın evine indi. Padişahı aramadı. Lakin, Saray kapıcılarından birinin, Padişaha arzuhalini yazdı. Onun hattını tanıyan Bayezid Han, arizayı yazanın derhal buldurtulmasını emretti ve artık bu vefakâr dostunu bırakmadı. Hareminde ona bir yer verip “saray katibi” ve “yazı muallimi” olarak hat ile istediği şekilde uğraşmasını sağladı. Yazarken, hokkasını tutar, rahat etsin diye sırtını yastıklarla beslerdi.