09 Eylül 1946 tarihinde Atsız, mahkemeye bir dilekçe göndererek Cihat Savaşfer'in ifadesinin işkenceyle alındığını, işkence yerlerinde mahkemenin teftiş yapması gerektiğini bildirmiş, ancak hâkimler bu talebi reddetmişlerdir (Küçükalcan 2016a: 223). Dava 29 oturum sürmüş ve 31 Mart 1947'de sona ermiştir. "Duruşma hâkimi Albay Şevki Mutlugil'in okuduğu karar özetinde 3 Mayıs 1944'te yapılan ve davaya mebde olan nümayişin, Ankara gençliğinin sırf milli duygularından doğduğu" belirtilmiş ve "bu nümayiş, millî bir ideolojinin, milli olmayan bir ideolojiye karşı tepkisinden ibarettir." denilmiştir. Kararda hükümet darbesi kastının bulunmadığı, "mantıken de buna imkân olmadığı" ve iddiaların aksine sanıkların "millî bir gaye için çalıştıkları” belirtilerek hepsinin beraat ettikleri belirtilmiştir (Deliorman 2013: 80).
01 Eylül 1947 tarihinde Arif Türkdoğan'a yazdığı mektupta davanın bitişiyle ilgili olarak Atsız şunları söylüyor: "Gerçi beraat ettik. Fakat dâva henüz bitmedi. Biz 17 Mart'ta beraat etmiştik. Sıkıyönetim Kumandanlığı, bu beraat kararını 24 Nisan'da temyiz etti. Askeri Yargıtay henüz bir karar vermedi." (Hacaloğlu 2013: 34).