Üçüncü önemli fark kronoloji bağlamına ilişkindir. Zira Yuhannadaki kronoloji ile Sinoptik İncillerdeki kronoloji uyumsuzdur. Sinoptik İncillerin yazarları, İsa'nın yaşamının hiç değilse son bölümünü Fısıh Bayramı ekseninde tasvir etmişlerdir; zaten bunun hemen sonrasında İsa tarih sahnesinden çekilecektir. Söz gelimi, bunun daha öncesinde İsa'nın Kudüs'e geldiğine dair herhangi bir kayıt yoktur. Yuhanna İncili'ne göre ise İsa dünyevi görevi esnasında en az üç defa Kudüs'e gelmiştir. Bir başka örnek, Tapınak'ın temizlenmesi meselesine dair anlatıdır. Sinoptik İncillerin aksine; Yuhanna İncili'nde İsa'nın Tapınak'ı temizlemesi onun infazı anlatımına giriş mahiyeti taşımamakta; fakat çok daha erken bir döneme tarihlendirilmektedir. (Yuhanna 2:14-22; Markos 11:15-17) Mecdelli Meryem'in İsa'yı Beytanya'da yağlaması, İsa’nın ölümünden bir gün değil altı gün öncesine atfedilmektedir. (Yuhanna 12:1; Markos 14:3) Andreas ile Şemun'un Yahudiye'de çağırılmaları da farklı kronolojiye sahiptir. (Yuhanna 1:35-42; 1;16-20) İsa'nın son yirmi dört saatine dair anlatı ise tamamıyla çelişkilidir. Yuhanna'nın yazarı, örneğin İsa'nın hangi gün öldürüldüğü veya hangi saatte öldüğü gibi dikkat çekici konularda; aynı şekilde onun yargılanmasına veya çarmıha gerilişine dair bazı ayrıntılarda, Sinoptik İncillerle örtüşmeyen anlatımlar yapmaktadır. Kısaca, Yuhanna'nın teknik olarak 8:1'de, fakat gerçekte 11:47'de başlayan çarmıh öyküsü; hem anlatılan olaylar, hem verilen detaylar, hem de kronoloji bağlamında Sinoptik incillerin anlatımlarıyla uyumsuz, hatta bazen çelişkilidir.