Fakat Darwin'in beyni boş durmuyordu. Bu geziler sıra sında ve sayısız canlıyı gözlerken doğadaki var oluşa dair bazı temel unsurları fark etmeye başladı: Canlılar, gerçek ten de sadece hayatta kalmak ve üremek için varlar gibi gözüküyordu. Var oluşları, kutsal bir yaratılıştan ziyade, bulundukları ortamda uyumlu bir şekilde varlıklarını sür dürebilmekle ilgiliydi. Üstelik bazı canlılar, üremelerine ve çevresel koşullara göre, türden türe farklı özellikler kazana biliyordu. Ve işte bu bulgu, onu nihai soruya götürdü: Aynı kuş cinsinin birbirine çok benzer olan türleri bile, farklı iki adada, nesilden nesile, bu kadar farklı özellikler kazanabiliyorsa... Günümüzde yaşayan bunca canlı da daha önceki türlerin birbirinden çevresel ve fiziksel etmenlerden ötürü farklılaşarak oluşmuş versiyonları olabilir miydi? Yani bütün canlılık, ortak ve tek bir kökene dayanıyor olabilir miydi? Bu ortak kökenden başlayan ama yolları ayrılan soy hatları, her nesilde beliren ufak ama bariz farklılıkların ne siller boyunca birikmesi sonucunda günümüzdeki türlere dönüşmüş olabilir miydi? Bu sorular ve bunların kaçınılmaz olan cevabı, Darwin'in hayatını değiştirecekti.