Bu isyanlardan biriyle ikinci iç savaş başladı. İsyan askeri ve siyasi etkisi açısından küçük olmasına karşın, dinsel ve tarihsel açıdan çok büyük bir öneme sahiptir. 680’de Hz. Ali’nin oğlu ve Peygamber’in torunu Hüseyin, Irak’taki bir isyanın önderliğini yaptı. Kerbela denilen yerde Muharrem ayının onuncu günü Hüseyin’in ailesi ve destekçileri bir Emevi gücüyle girdikleri savaşta yenildiler. Şiiler’in İslam tarihi görüşlerini değiştiren Kerbela katliamı nedeniyle Muharrem ayının onuncu günü Şiiler’in dini takvimine önemli bir gün olarak geçti. Bu günde Şiiler, bulundukları her yerde, Peygamber’in ailesinin şehit olmasını, öldürenlerin kötülüklerini ve kurtaramayanların pişmanlıklarını anmak için özveri, kefaret ve suçluluk temalı dini törenler düzenlerler.
Yüzyıllar boyunca gaspçı kabul ettikleri hükümdarların egemenliğinde bir azınlık şeklinde yaşamalarından kaynaklanan Şiiler’in zulüm ve şehitlik duyguları, Sünni devlet ile aralarında psikolojik bir engel oluşturmuş, bu yüzden hem siyasi hem de dini tavır ve davranışlarında farklılık yaratmıştır.