Uzun süren hastalıklarla mücadele etmişti. En son ata binemez hale gelecek derecede hastalanmış ve bu hastalığı uzun süre devam etmişti.
18 Nisan 1118 tarihinde emirler çağrılarak Sultan Muhammed Tapar'ın öldüğü bildirildi. Vefat ettiğinde otuz altı yaşında idi.