Her ne kadar başlangıçta Bizans misyonerlerinin etkisinde kalmışlarsa
da, 1770'lerde Besarabya'ya yerleştikten sonra Rus papazlarının
etkisiyle Pravoslav dini denilen Rus Hıristiyanlığı Gagauz Türkleri
üzerinde etkili olmaya başlamıştır. Bugün aralarında Babdist
ve Adventist Protestanlık da belli bir seviyeye ulaşmışsa da, Gagauzların çoğu Ortodoks olup Moskova Patrikliğine bağlıdırlar.