İmparatorluğun en yüksek ilim müessesesi olarak yaptırılan Semaniye medreselerine gelince, buraya yetkinlik gösteren her Müslüman çocuğu kabul olunurdu. Talebenin bütün masrafları vakıf gelirinden sağlanırdı. Yüksek dini ilimlerle beraber akli' ve nakli ilimler (tababet, astronomi, matematik) okunurdu. Fatih, bu medreselerin teşkilatlandırılmasında Türkistan'dan getirttiği meşhur astronomi alimi Ali Kuşçu'dan istifade etmiştir.